| Rank | Player | Team | PIM |
| 1 | R. Clowe | NYR | 79 |
| 2 | A. Desjardins | SJS | 61 |
| 3 | M. Havlat | SJS | 30 |
| 4 | M. Vlasic | SJS | 29 |
| 5 | D. Boyle | SJS | 27 |
| 6 | J. Thornton | SJS | 26 |
| 7 | T. Wingels | SJS | 26 |
| 8 | D. Murray | PIT | 26 |
| 9 | B. Stuart | SJS | 25 |
| 10 | A. Burish | SJS | 25 |
| 11 | P. Marleau | SJS | 24 |
| 12 | S. Gomez | SJS | 22 |
| 13 | B. Burns | SJS | 20 |
| 14 | T. Galiardi | SJS | 14 |
| 15 | J. Sheppard | SJS | 12 |
| 16 | M. Handzus | CHI | 12 |
| 17 | J. Pavelski | SJS | 10 |
| 18 | M. Irwin | SJS | 10 |
| 19 | J. Demers | SJS | 10 |
| 20 | M. Pelech | SJS | 7 |